Eskişehir'de 1965 senesinde kurulan ve geçmiş dönemde ortaya koyduğu başarılarla 'Anadolu efsanesi' olarak da anılan Eskişehirspor, uzun yıllar boyunca Süper Lig'de yer aldı.
Eskişehir ekibi, 1981-82 sezonunda bir alt lige düşerek 1988-89 sezonuna değin TFF 2'nci Lig'de boy gösterdi. 1988-89'da tekrar Süper Lig'de yer alan siyah-kırmızılılar, bir sonraki sezonun sonunda bir alt lige düştü.
TFF 1'inci Lig'de 1994-95 sezonuna değin mücadele eden Eskişehir ekibi, 1995-96 sezonunda mücadele ettiği Süper Lig'e yine aynı dönemde veda etti.
1999-2000, 2000-01 sezonlarında TFF 1'inci Lig'de Eskişehir'i temsil eden takım; 2001-02, 2002-03, 2003-04, 2005-06'yı ise TFF 2'inci Lig'de geçirdi.
2006-07 sezonunda TFF 1'inci Lig'de mücadele eden siyah-kırmızılılar, 2007-08'de de bu ligde yer aldı.
2015-16 sezonunda Süper Lig'den düşmüştü
Eskişehirspor, 2007-08 sezonunda TFF 1'inci Lig play-off finalinde Boluspor'u mağlup ederek, Süper Lig'e yükseldi.
Siyah-kırmızılı ekip, 2011-12 sezonun ikinci yarısında Ersun Yanal idaresinde ligi dördüncü sırada tamamlayarak UEFA Avrupa Ligi elemelerine katılmaya hak kazandı. 2015-16 sezonunda Süper Lig'i 17'inci sırada tamamlayan Eskişehirspor, TFF 1'inci Lig'e düştü. 2020-21 sezonuna değin bu ligde mücadele eden Eskişehir ekibi önce TFF 2'nci Lig'e, 2021-22 sezonunda ise TFF 3'üncü Lig'e düştü.
TFF 3'üncü Lig'de iki sezonun sonunda Eskişehirspor, evinde kozlarını paylaştığı Elazığspor'a 6-3 mağlup olarak Bölgesel Amatör Lig'e düştü.